选中“Run in separate memory space”，然点击"Configuration…"，在弹出的应用程序配置对话框，应用程序映射。
点击"Add"，增加新的应用程序映射。可执行文件为应为：C:\WINNT\php4\php4isapi.dll。扩展名为：php。点击"OK"。
检查应用程序映射的列表中，有没有新增的php映射。点击"OK"。
在"文档"属性页中，增加默认文档index.php。
3）设置目录（文件）的访问权限
对于NTFS文件系统的用户，还需要设置目录和文件的访问权限。对于FAT32文件系统的用户，则可以跳过此步骤。
将Webmail目录，邮件存储目录和用户数据库文件的权限中增加Everyone允许访问，并将权限设置为“完全控制”。
Webmail程序目录，其具体位置是在~\server\webmail；
邮件存储目录，其具体位置是在~\server\store；
用户数据库文件，其具体位置是在~\server\userauth.cfg
（注意：~表示Magic Winmail安装时选择的目录，黙认是安装在C:\Program Files\Magic Winmail）。
同时为了发邮件能上传附件，还需要设置C:\Winnt\temp(假设Windows 安装在C:\Winnt)目录的权限，增加Everyone访问许可，并将权限设置为“完全控制”。
2、IIS5.x设置
本设置过程操作系统为中文版本的Windows 2000 server。
1）新建虚拟目录
在"开始" -> "程序"->"管理工具"->"Internet 服务管理器"中运行IIS管理程序，在出现的"Internet 信息服务"程序中，选择"默认Web站点"，点击右键，在弹出菜单选择"新建"->"虚拟目录"。
设置虚拟目录的别名，也就是您用浏览器访问时的名字。如输入webmail，那么在浏览器中通过http://yourserverip/webmail/ 来访问。单击"下一步"。
选择Web站点内容目录，也就是Magic Winmail程序所带的Webmail程序目录，其具体位置是在~\server\webmail（注意：~表示Magic Winmail安装时选择的目录，黙认是安装在C:\Program Files\Magic Winmail）。单击"下一步"。
设置虚拟目录的访问权限，选择"读取"、"运行脚本"、"执行"。单击"下一步"。